由于失去激素的支持，更年期女性的生殖系统发生萎缩性改变，主要表现在：外阴失去大部分胶原、脂肪和保留水分的能力，腺体萎缩，分泌减少，皮脂腺分泌也减少，皮肤变薄、干、易裂。阴道缩短、变窄，皱褶减少，壁变薄，弹性减弱，分泌减少。早期呈现充血性改变，壁脆易受伤和出血，有弥漫性或散在的淤斑，晚期颜色苍白，粘连带增多。由于阴道的萎缩，使尿道与耻骨联合的角度从90度变为80度。开口接近阴道口，任何阴道操作或性行为可能增加对尿道的压力而发生排尿不适、尿频和感染。宫颈萎缩，分泌黏液减少。子宫萎缩以宫体萎缩为主，内膜变薄。子宫随绝经时间延长继续缓慢缩小。由于腺体和肌层萎缩，部分患有子宫内膜异位症或肌瘤的患者可能因此免去手术。输卵管也萎缩。生殖道的支持结构减弱，盆底松弛，易发生子宫脱垂、膀胱脱垂或直肠脱垂。