肛瘘系指与肛管或直肠腔相通的瘘管而言，肛瘘是肛门直肠周围脓肿破溃后的后遗症。瘘管一端通于肛管内肛窦和肛腺的感染灶，称内口；另一端通至肛门周围皮肤，称外口。民间根据它的主要症状，是从肛门周围皮肤上的疮口不断地向外流脓和脓血，就像破房子经常漏水一样，故古人把它命名为"肛瘘"。严重的肛瘘见粪便流出，故人们更形象的比喻称之为"老鼠偷粪"。瘘和窦不同，瘘是在体内和体外有两个瘘口互通的管道，它可以向体外漏出分泌物和脓汁。窦是有窦底，只有一个向外开口的窦道漏出分泌物及脓血的特点。临床上瘘管与窦道是有所区别的，切不可将二者混为一谈。肛瘘的形成，是肛门直肠周围脓肿发展的必然结果，形成肛瘘大致要经过四个阶段：

　　第一个阶段:肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症即可以向肛门周围蔓延。

　　第二个阶段:炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。

　　第三个阶段，由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散治愈，不遗留后遗症；如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。

　　第四个阶段，肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，反复感染，反复发作，经久不能自愈，而成为瘘管。