仁济医院建于1844 年，是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院：东院位于浦东陆家嘴金融贸易区内，于1999年10月建成投入使用，占地86875平方米，建筑面积208404平方米；西院位于黄浦区中央商务区内，毗邻外滩，占地7811 平方米，建筑面积31959平方米；南院位于闵行区浦江镇，紧邻世博家园，占地68497平方米，建筑面积82590平方米；北院位于巨野路灵山路，占地6667平方米，建筑面积17350平方米；肿瘤所位于斜土路，总建筑面积7523平方米，由肿瘤流行病学研究室、癌基因与相关基因国家重点实验室及十三个课题组组成。
医院东、西、北三个院区目前总核定床位1450张，南院核定床位600张。截止2012年底，医院共有职工3099人，其中正、副高级职称专家373名；博导57名、硕导131名。医院设有42个临床医技科室：消化科、心内科、血液科、风湿病科、老年病科、呼吸科、肾脏科、神经内科、内分泌科、肿瘤科、康复科、急诊科、核医学科、放射诊疗科、泌尿科、普外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神经外科、肝脏外科、整形外科、麻醉科、中医科、儿科、眼科、妇产科、生殖医学科、耳鼻咽喉-头颈外科、皮肤科、感染科、口腔科、营养科、放射科、超声医学科、病理科、检验科、药剂科、输血科、内科门诊、健康保健中心。
近年来，医院申请到的科研项目及专利逐年递增，2012年纵向科研经费达1.11亿元，包括国家级的973计划、863计划、国家自然基金（重点）项目等；并获得多项国家科技进步奖、中华医学科技奖、高等学校科技进步奖等；先后共有几百人次入围各级人才培养计划，包括973首席科学家、长江特聘教授、卫生部有突出贡献中青年专家、国家杰出青年、教育部新世纪人才、上海市领军人才和东方学者等。医院与美国、法国、日本等近十个国家的二十多所医学院校建立了学术交流和友好合作关系。
2001年，医院在全市三级综合性医院中率先推行ISO9001质量管理认证体系，并每年通过质量认证。医院还积极探索集团化管理，直接托管嘉定区中心医院和长宁区同仁医院两家分院，与社会合作的仁济医疗管理公司，通过市场化运作，以品牌效应领先，把优秀的医院管理模式在长三角地区加以推广。涉外的全康国际医疗中心为驻沪外籍人士提供优质的服务。
上海市临床医学中心2个
上海市消化内科临床医学中心、上海市风湿病临床医学中心
上海市临床质量控制中心2个
上海市消化内科临床质量控制中心、上海市血液透析质量控制中心
上海交通大学临床专病诊治中心5个
颅脑创伤诊治中心、尿毒症诊治中心、不孕不育诊治中心、胆道疾病诊治中心、尿失禁盆底重建诊治中心
上海市产科心脏病监护中心；
上海市危重孕产妇会诊抢救中心；
上海市唯一的人类精子库；
国家重点实验室：癌基因及相关基因国家重点实验室
卫生部内科消化重点实验室
国家中医药管理局中医药科研实验室（三级）
肾脏专业、麻醉专业
国家药物临床研究机构
上海市公共卫生三年行动计划3项
技术平台和中心重点建设项目 上海市生殖与优生技术中心
重点学科建设项目 妇幼卫生和儿童保健学 健康管理学
上海市重点实验室2个
上海市妇科肿瘤重点实验室
上海市辅助生殖与优生重点实验室
市级研究所4个
上海市消化疾病研究所、上海市风湿病研究所、上海市男科学研究所、上海市颅脑创伤研究所；
生物样本库
上海交通大学MED-X仁济医院临床干细胞研究中心。
重点学科
国家级重点学科3个：
牵头学科：消化病学科
组成学科：心内科（心血管病）
培育学科：神经外科
国家“211工程”三期5个：
牵头：消化科、神经外科、妇产科
参加：泌尿科、风湿科
卫生部临床重点专科8个：
消化内科、消化内科重点实验室、产科、心内科、神经外科、普外科、泌尿外科、肾内科
上海市重点学科3个：
消化疾病学、风湿病学、影像医学与核医学
上海市高校“一流学科”5个
临床医学（A 类） 生殖医学
临床医学（B 类） 消化内科学 心血管内科学 新药临床试验和临床药学 分子影像学
上海市“重中之重”临床医学中心和临床重点学科
临床医学中心（A 类） 消化内科
临床重点学科（A 类） 肿瘤学
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